Este tipo de problema está relacionado a criptografia do certificado.
Sugestões de Solução:
1º Através do Windows XP.
instale o certificado no windows XP, marcando a opção exportar chave privada, após instalado no xp, abra o internet explorer, vá em opção internet -> conteúdo -> certificados.
Colocar para exportar o certificado, com as chaves privadas.
Com o novo certificado, instale novamente no seu Windows, marcando a opção exportar chave privada.
Depois de realizar estes passos o certificado deverá funcionar.
2º Com Programas
Vi o pessoal comentando na net que com a ajuda dos programas abaixo conseguiram resolver também.
http://www.validcertificadora.com.br/upload/downloads/validcertificadora.exe
http://www.onlinecertificadora.com.br/arquivo/suporte/instaladorvalid24.exe
Fonte: http://www.projetoacbr.com.br/forum/topic/6740-nao-ha-suporte-para-criptografia-24-quot-resolvido-quot/
Espero ter ajudado.